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BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo y programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN, ARN o de proteínas. [1] El programa es capaz de comparar una secuencia problema (también denominada en la literatura secuencia query ) contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una ...
Introducción con reseña histórica, ¿Porqué surgió la base de datos? ¿Qué significa BLAST? ¿Porqué es importante conocer BLAST? Análisis de secuencias. ¿Qué tipo de datos analiza como se entran a la base? ¿Cuántas versiones de BLAST existen? ¿Cuál algoritmo usa? PRONTO ¿Cómo se interpretan los resultados? PRONTO
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) utiliza un algoritmo muy rápido basado en palabras (word, k-tuple o kmers) BLAST ¶. BLAST se utiliza habitualmente para comparar una secuencia dada contra toda una base de datos de millones de secuencias. Producen alineamientos locales entre cada pareja de secuencias.
Download scientific diagram | 9: Tipos de BLAST disponibles en el NCBI from publication: Bioinformática: Aplicaciones en Genómica y Proteómica | La bioinformática es una disciplina que se...
El algoritmo BLAST analiza el problema de la búsqueda de bases de datos de secuencias, en donde tenemos una consulta, que es una nueva secuencia, y un objetivo, que es un conjunto de muchas secuencias antiguas, y nos interesa saber a cuál (si alguna) de las secuencias diana es la consulta relacionada.
Tipos BLAST. Los programas de la suite BLAST+ pueden buscar y contra secuencias en formato proteico (como hicimos para el ejemplo de HMMER) y en formato de nucleótidos (A's, C's, T's y G's). Dependiendo de qué tipo sean los conjuntos de consulta y tema, se utilizan diferentes programas BLAST.
Existen muchos algoritmos diferentes para buscar bases de datos de secuencias, pero los algoritmos BLAST son algunos de los más populares, por su velocidad. Como verás a continuación, la clave de la velocidad de BLAST es su uso de alineaciones locales que sirven como semillas para alineaciones más extensas.
