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28 de nov. de 2023 · The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches.
- Nucleotide BLAST
PSI-BLAST allows the user to build a PSSM (position-specific...
- Needleman-Wunsch
Local alignments algorithms (such as BLAST) are most often...
- Protein BLAST
PSI-BLAST allows the user to build a PSSM (position-specific...
- Nucleotide BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo y programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN, ARN o de proteínas. [1] El programa es capaz de comparar una secuencia problema (también denominada en la literatura secuencia query ) contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una ...
BLAST es el acrónimo de Basic Local Alignment Search Tool. Fué desarrollado por Altschul en 1990 y es el algoritmo mas empleado por el NCBI. La principal característica del BLAST es su velocidad, pudiendo tomar pocos minutos cualquier búsqueda en la totalidad de la base de datos.
Los algoritmos BLAST comienzan dividiendo la secuencia de consulta en una serie de “palabras” cortas superpuestas y asignando valores numéricos a las palabras. Las palabras por encima de un valor umbral para significancia estadística se utilizan entonces para buscar bases de datos.
El algoritmo BLAST analiza el problema de la búsqueda de bases de datos de secuencias, en donde tenemos una consulta, que es una nueva secuencia, y un objetivo, que es un conjunto de muchas secuencias antiguas, y nos interesa saber a cuál (si alguna) de las secuencias diana es la consulta relacionada.
Comparar posibles proteínas de una cadena de ADN con posibles proteínas de una DB de ADN. Útil para encontrar coincidencias no dadas por métodos tradicionales o que no están
Tipos BLAST. Los programas de la suite BLAST+ pueden buscar y contra secuencias en formato proteico (como hicimos para el ejemplo de HMMER) y en formato de nucleótidos (A's, C's, T's y G's). Dependiendo de qué tipo sean los conjuntos de consulta y tema, se utilizan diferentes programas BLAST.
