Resultado de búsqueda
28 de nov. de 2023 · BLAST compares biological sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. It can be used to infer functional and evolutionary relationships, identify gene families, and design primers or probes.
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Aprende a usar el algoritmo BLAST para comparar una secuencia con una base de datos de millones de secuencias. Descubre cómo se calcula el e-value, el valor de significación estadística de los alineamientos, y cómo interpretar los resultados de un ejemplo de BLAST.
El BLAST es la herramienta más usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias proteicas. Muchas variantes han sido creadas para resolver algunos problemas específicos de búsqueda.
Esta es una recopilación de los comandos que acostumbro a usar al momento de hacer una búsqueda por homología con BLAST. Los ejemplos están hechos en base a un blastn (nucleotídos contra nucleótidos) pero pueden ser adaptados a otros tipos de BLAST según el requerimiento.
El algoritmo BLAST analiza el problema de la búsqueda de bases de datos de secuencias, en donde tenemos una consulta, que es una nueva secuencia, y un objetivo, que es un conjunto de muchas secuencias antiguas, y nos interesa saber a cuál (si alguna) de las secuencias diana es la consulta relacionada.
NCBI BLASTP utiliza un umbral predeterminado de 10 para los sinónimos, pero esto puede ser ajustado por el usuario. Usando este conjunto de búsqueda, BLAST escanea rápidamente una base de datos e identifica secuencias de proteínas que contienen dos o más palabras/sinónimos del conjunto de búsqueda.
