Resultado de búsqueda
28 de nov. de 2023 · The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches.
Select the sequence database to run searches against. No BLAST database contains all the sequences at NCBI. BLAST databases are organized by informational content (nr, RefSeq, etc.) or by sequencing technique (WGS, EST, etc.). more...
The NCBI provides a suite of command-line tools to run BLAST called BLAST+. This allows users to perform BLAST searches on their own server without size, volume and database restrictions. BLAST+ can be used with a command line so it can be integrated directly into your workflow.
Esta es una recopilación de los comandos que acostumbro a usar al momento de hacer una búsqueda por homología con BLAST. Los ejemplos están hechos en base a un blastn (nucleotídos contra nucleótidos) pero pueden ser adaptados a otros tipos de BLAST según el requerimiento.
El algoritmo BLAST analiza el problema de la búsqueda de bases de datos de secuencias, en donde tenemos una consulta, que es una nueva secuencia, y un objetivo, que es un conjunto de muchas secuencias antiguas, y nos interesa saber a cuál (si alguna) de las secuencias diana es la consulta relacionada.
BLAST es el acrónimo de Basic Local Alignment Search Tool. Fué desarrollado por Altschul en 1990 y es el algoritmo mas empleado por el NCBI. La principal característica del BLAST es su velocidad, pudiendo tomar pocos minutos cualquier búsqueda en la totalidad de la base de datos.
El BLAST es la herramienta más usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias proteicas. Muchas variantes han sido creadas para resolver algunos problemas específicos de búsqueda.
Vamos a hacer un blast con ADN (nucleotide blast) utilizando una secuencia de ejemplo de rata. En la página de búsqueda del BLAST podemos modificar numerosos parámetros. El más importante de ellos es la secuencia que queremos utilizar en la búsqueda (Enter Query Sequence).
NCBI BLASTP utiliza un umbral predeterminado de 10 para los sinónimos, pero esto puede ser ajustado por el usuario. Usando este conjunto de búsqueda, BLAST escanea rápidamente una base de datos e identifica secuencias de proteínas que contienen dos o más palabras/sinónimos del conjunto de búsqueda.
El BLAST es la herramienta más usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias protéicas. Muchas variantes han sido creadas para resolver algunos problemas específicos de búsqueda.
